株で損した年に確定申告すべきケース ― 損益通算と3年の繰越控除

2026年7月17日、日経平均株価は前日比2,694円42銭安の6万4141円12銭で引けました。下落率は4.03%です。

含み損を抱えた口座を見て、「これは税金の面で何かできるのか」と考えた方は多いはずです。

できることはあります。ただし、それは口座の種類で決まります。

そして申告すれば必ず得をする、というものでもありません。 申告した所得は扶養の判定や保険料の計算にも入ってくるためです。

本記事は、売るべきか持ち続けるべきかといった投資判断には触れません。税制上どうなるかだけを書きます。

結論

上場株式の譲渡損失は、確定申告をすることで、その年の配当と相殺できます。相殺しきれない分は、翌年以後の利益から差し引くために繰り越すことができます。

ただし繰り越しには期限があり、しかも毎年申告を続けないと途中で切れます。 何もしなければ、損失は税務上まったく使われずに終わります。

一方で、申告することには反対側の効果もあります。 申告した株式の所得は「合計所得金額」に入るため、扶養の判定や保険料の計算に響きます。 しかも現在は、住民税だけ申告しないという選択もできません。

そしてNISA口座の損失は、この仕組みの外にあります。 利益が非課税になる代わりに、損失も税務上は存在しないものとして扱われます。同じ損失額でも、どの口座で出たかによって結果が変わります。

計算の前提

具体的な条件で計算します。

4行目が重要です。 配当を譲渡損失と同じ特定口座（源泉徴収あり）で受け取っている場合は、証券会社が口座の中で自動的に通算します。 その場合、次章の還付は確定申告をしなくても実現しています（後述）。

① その年：配当と相殺する

配当20万円からは、受け取る前に4万630円が源泉徴収されています。

譲渡損失100万円を申告すると、この配当と相殺されます。配当への課税がなくなるので、源泉徴収された4万630円が還付されます。

国税庁の記述はこうです。

その年分の上場株式等の配当等に係る利子所得の金額および配当所得の金額（上場株式等に係る配当所得については、申告分離課税を選択したものに限ります）と損益通算することができます

残った80万円が、繰越の対象になります。

同じ口座で配当を受け取っている場合は、申告しなくても通算されている

ここは誤解が多いところです。 配当を譲渡損失と同じ源泉徴収口座に受け入れている場合、通算は証券会社が行います。

特定口座（源泉徴収あり）内における上場株式等の譲渡損失の金額があるときは、その上場株式等に係る利子等の金額及び配当等の金額からその譲渡損失の金額を控除した金額に対して、源泉徴収税率を適用して徴収すべき所得税等の計算をすることになります。

つまり4万630円は、確定申告をしなくても口座内で調整されています。 この場合に確定申告をする意味は、還付を受けることではなく、残った80万円を翌年以後に繰り越すことにあります。

そしてもう一つ、順序の縛りがあります。

その特定口座（源泉徴収あり）内で生じた上場株式等に係る譲渡損失の金額について、確定申告を行うことにより、他の上場株式等に係る譲渡所得等の金額並びに他の上場株式等に係る利子等の金額及び配当等から控除するときは、その特定口座における上場株式等に係る利子等の金額及び配当等の金額は確定申告不要制度を適用できないことから確定申告をする必要があります。

その口座の譲渡損失を申告するなら、同じ口座に受け入れた配当だけを申告不要にすることはできません。 配当も併せて申告することになり、その分だけ合計所得金額が増えます（後述の④に効いてきます）。

② 翌年以降：3年間の繰越控除

損益通算してもなお控除しきれない損失の金額については、その年分の翌年以後3年間にわたり、確定申告により、上場株式等に係る譲渡所得等の金額および上場株式等に係る配当所得等の金額から繰越控除することができます

翌年から利益が出た場合を計算します。

	申告しない	繰越控除を使う
2027年	101,575	0
2028年	81,260	20,315
2029年	81,260	81,260
合計	264,095	101,575

左が申告しなかった場合、右が繰越控除を使った場合の、3年間に納める税額です。2027年の帯は消え（10万1575円→0円）、2028年の帯は縮んでいます（8万1260円→2万315円）。合計で16万2520円の差です。2029年（一番上の帯）は繰越を使い切っているので同額になります。

還付4万630円と合わせて、減った税額は20万3150円。 これは損失100万円に税率20.315%を掛けた金額と一致します。損失を使い切れれば、税率分がそのまま戻ってくる仕組みです。

毎年申告しないと、そこで切れる

繰越には手続きの要件があります。

その後の年において連続して［付表］の添付のある確定申告書を提出すること

さらに注記があります。

上場株式等の譲渡がなかった年も、譲渡損失を翌年へ繰り越すための申告が必要です

取引をしなかった年も申告が要ります。 ここを落として繰越が消えるのが、最も多い失敗です。

3年で使い切れないと消える

利益の出方が小さいと、使い切れません。

4年目には持ち越せません。 50万円が失効し、税額に換算すると10万1575円が使えないまま終わります。

③ NISA口座だと、この話は成り立たない

国税庁の記述です。

非課税口座で取得した上場株式等を売却したことにより生じた損失はないものとみなされます。したがって、その上場株式等を売却したことにより生じた損失について、特定口座や一般口座で保有する上場株式等の配当等やその上場株式等を売却したことにより生じた譲渡益との損益通算や、繰越控除をすることはできません

同じ100万円の損失でも、結果はこうなります。

売却して非課税枠が戻ることと、損失が税務上使えることは、別の話です。 金融庁の説明では、新しいNISAは「商品を売却した場合、翌年以降売却した商品の簿価（取得金額）の分だけ非課税投資枠が復活し、再利用が可能になります」とされています。枠は戻りますが、損失は戻りません。

④ 申告することの、反対側の効果

ここが最も見落とされます。申告すれば必ず得、ではありません。

合計所得金額が増える

申告した株式の所得は、合計所得金額に入ります。合計所得金額は、扶養控除・配偶者控除などの判定に使われます。

2026年分・2027年分（令和8年分・令和9年分）の所得税では、扶養親族・同一生計配偶者の合計所得金額の要件は62万円以下です。 収入が給与だけなら136万円以下にあたります。令和8年度税制改正で、58万円（給与収入123万円）から引き上げられました。

基礎控除の引上げと、給与所得控除の最低保障額の引上げ（65万円→74万円）に伴う改正です。令和8年12月1日に施行され、令和8年分以後の所得税について適用されます。

したがって、譲渡益が60万円だけであれば、申告してもこの所得要件の範囲内です。 ただし他に所得があれば合算して判定します。

そして62万円を超えても、控除が全部なくなるとは限りません。

いずれも所得者本人の合計所得金額が900万円以下の場合。これらは配偶者控除38万円・特定扶養親族の控除63万円と同額です。

この範囲なら、控除額は変わりません。 これを超えると段階的に減っていきます。

ただし、19歳未満・23歳以上の親族には特定親族特別控除がありません。 たとえば高校生のお子さんの口座で62万円を超える所得を申告すると、扶養控除38万円がまるごと外れます。

繰越控除を使う年も、判定は「控除前」で行われる

ここは特に間違えやすいところです。

合計所得金額は、上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除などを受けている場合、その適用前の金額をいうと定められています。

つまり繰越控除で税額がゼロになる年でも、扶養の判定上は、譲渡益がそのまま所得として数えられます。 「税金がかかっていないのだから所得はない」とはなりません。

保険料は、これとは別の基準で計算される

同じ「所得」でも、扶養の判定と保険料の計算では使う金額が違います。

国税庁は、総所得金額等について「次の繰越控除を受けている場合は、その適用後の金額をいいます」とし、上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除を挙げています。合計所得金額の方は「その適用前の金額」です。

たとえば譲渡益50万円を申告し、前年からの繰越損失50万円を全額控除した場合、こうなります。

• 扶養の判定に使う合計所得金額 … 50万円（控除前）
• 保険料の算定に使う株式の所得 … 0円（控除後）

「申告した金額がそのまま保険料に跳ね返る」わけではありません。 ただし損失で消しきれずにプラスの所得が残れば、その分は保険料に影響します。給付や減免は制度ごとに使う所得の基準が違うため、個別の確認が要ります。

住民税だけ申告不要、という選択はもうできない

かつては、所得税では申告し、住民税では申告不要を選ぶことで、保険料への影響を避ける方法がありました。現在は使えません。

個人住民税において、特定配当等及び特定株式等譲渡所得金額に係る所得の課税方式を所得税と一致させることとする

（注）上記の改正は、令和6年度分以後の個人住民税について適用する

所得税で申告した内容が、そのまま住民税にも反映されます。

あなたの数字で確かめる手順

① 口座の種類を確認する

NISA口座の損失は、何をしても使えません。 ここで対象から外れます。特定口座・一般口座の分だけを集計してください。

② 取り戻せる税額を計算する

その年に戻る税額 ＝ 配当の額 × 20.315%（損失の範囲内）
繰り越せる損失 ＝ 譲渡損失 − 配当の額

③ 3年で使い切れそうかを見積もる

使い切れる見込み ＝ 今後3年間に見込まれる譲渡益・配当の合計

この見込みが繰越額に届かないなら、届かない部分の税額（残額×20.315%）は取り戻せません。

④ 申告で増える負担を確認する

②③で取り戻せる額と、④で増える負担を並べます。 ④に該当がなければ、申告して損になることは通常ありません。

⑤ 口座ごとに選べることを使う

源泉徴収口座内の上場株式等の譲渡による所得については、口座ごとに、申告するまたは申告不要とすることの選択をすることができます

すべてを申告するか、しないかの二択ではありません。

まとめ

• 上場株式の譲渡損失は、申告すれば申告分離課税を選んだ配当と相殺でき、残りは3年間繰り越せる
• 前提の条件では、還付4万630円と繰越控除16万2520円で、合計20万3150円の税負担が減った（損失100万円 × 20.315%）
• 繰越には連続した申告が必要。 取引がなかった年も申告しないと、そこで切れる
• 3年で使い切れなかった分は消える。 例では50万円が失効し、10万1575円分が使えずに終わった
• NISA口座の損失は「ないものとみなされる」。 相殺も繰越もできず、減らせる税額はゼロ
• 売却で非課税枠は翌年復活するが、損失は復活しない
• 配当を損失と同じ源泉徴収口座で受け取っていれば、通算は証券会社が自動で行う。 その場合の申告は、繰り越すために行うもの
• その口座の損失を申告するなら、同じ口座の配当だけを申告不要にはできない
• 申告すると合計所得金額が増える。2026年分・2027年分の扶養親族・同一生計配偶者の要件は62万円以下（給与収入136万円以下）
• 62万円を超えても、配偶者は95万円まで、19歳以上23歳未満の親族は85万円まで、特別控除で同額が残る
• 繰越控除を使う年も、扶養の判定は繰越控除の適用前の金額で行われる。 一方で保険料の算定は繰越控除後の金額
• 令和6年度分以後の個人住民税から、所得税と異なる課税方式は選べない

損失が出た年に何もしないと、税制上は何も起きません。 一方で申告には反対側の効果もあります。本記事の手順で、両方を並べて確かめてください。